O Programa possui uma área de concentração Fármacos, Medicamentos e Vacinas que visa os estudos para a obtenção de novos fármacos, as modificações estruturais visando o aumento de atividade farmacológica e/ou diminuição de efeitos tóxicos, o desenvolvimento de formas farmacêuticas convencionais ou novas, os estudos de estabilidade de medicamentos, o controle de qualidade de medicamentos e fitoterápicos e os estudos de utilização de medicamentos.
As linhas de pesquisa do Programa abrangem as seguintes áreas do conhecimento: obtenção de substâncias bioativas a partir de espécies vegetais e microrganismos; biotransformações de substâncias naturais; planejamento e síntese de novos fármacos; estudos biológicos relacionados às atividades farmacológicas de plantas medicinais, de fungos e de novas substâncias naturais e sintéticas, avaliação biofarmacêutica objetivando-se estudos interligados de farmacocinética /farmacodinâmica para novos princípios ativos, desenvolvimento tecnológico de novas formas farmacêuticas nanobiotecnologia aplicada a fármacos, medicamentos com liberação modifcada, estudos biológicos e relacionados à atividade farmacológica de fármacos vetorizados e os estudos epidemiológicos de doenças crônico-degenerativas e infectoparasitárias. O Programa tem como objetivo a formação de recursos humanos com qualificação técnica e cientifica para a docência e a pesquisa, capazes de formarem outros pesquisadores independentes, geradores de novas linhas de pesquisa e produtores do conhecimento técnico-científico de interesse para o País na área de Ciências Farmacêuticas.